Disiplin kararlarına karşı yargı denetimi Anayasa’nın 129’uncu maddesinde düzenlenmiştir. Madde de “disiplin kararları yargı denetimi dışında bırakılamaz” hükmü yer almakta müteakiben Silahlı Kuvvetleri mensupları ile hâkimler ve savcılar hakkındaki hükümlerin saklı olduğu belirtilmektedir. Bu doğrultuda bugüne kadar Silahlı Kuvvetler mensupları hakkında ki disiplin cezaları yargı denetimi dışında bırakılmıştır. 6413 sayılı Disiplin Kanunu ile beraber kısmen ağır nitelikteki disiplin cezalarının yargı denetimine açılmasına imkân tanınmıştır. Buna göre;

Yüksek Disiplin Kurulları tarafından verilen Silahlı Kuvvetlerden ayırma cezaları ile subay, astsubay, uzman jandarma, uzman erbaş ile sözleşmeli erbaş ve erler hakkında disiplin amirleri veya disiplin kurulları tarafından barış zamanında verilmiş olan aylıktan kesme, hizmet yerini terk etmeme ve oda hapsi cezalarına karşı  Askeri Yüksek Idare Mahkemesinde iptal davası açılabilir.

Dava açma süresi, cezanın kesinleşmesinden itibaren başlar. Ancak Türk karasuları dışindaki gemilerde verilen cezalarda, dava açma süresi karasuları dışında işlemez.

Bu düzenlemeden anlaşılacağı üzere askeri öğrenciler ile erbaş ve erlere verilecek disiplin cezalarına karşı yargı yoluna gidilemeyecektir. Subay astsubay, uzman jandarma, uzman erbaş ile sözleşmeli erbaş ve erler hakkında verilen uyarma, kınama ve hizmete kısmi süreli devam cezalarına karşı da yargı yoluna gidilemeyecektir. Savaş ve seferberlik zamanında ise sadece Yüksek disiplin kurulları tarafından verilen Silahlı Kuvvetlerden ayırma cezasına karşı yargı yoluna gidilebilecektir.